O Projeto Margem Verde promove o reflorestamento de áreas de preservação de manancial, represas e rios, recuperando áreas degradadas nos municípios no entorno da Usina São João.
Desde 1999, quando as ações tiveram início, foram plantadas mais de 1,6 milhões de mudas de diversas espécies nativas, a maioria cultivadas no viveiro da própria empresa e outras adquiridas de viveiros cadastrados.
Todo o processo de produção de mudas é realizado por funcionários da Usina São João, que coletam e resgatam sementes de árvores matrizes existentes nas florestas da região da empresa, e o reflorestamento é realizado por empresas parceiras e tecnologicamente capacitadas.
Através do Projeto Margem Verde, a Usina São João já recuperou mais de 900 hectares de áreas degradadas e preserva um total de 2.700 hectares de florestas nativas, além de reflorestar anualmente, em média, 60 hectares.