A história da cana-de-açúcar no Estado de São Paulo está fortemente ligada às raízes da Usina São João. Entrelaça-se, também, à história de seis gerações da família Ometto, desde que Antônio e Caterina Ometto chegaram da Itália. O casal já iniciou sua vida no Brasil trabalhando no cultivo de cana no interior paulista.
Em 1935, seu filho José Ometto comprou a Fazenda São João, em Araras — dando início ao que viria a se tornar a Usina São João. Entre a sua fundação e o ano de 1944, a São João produziu cachaça e depois álcool, iniciando a sua fabricação de açúcar em 1944.
Hoje, a quarta e quinta gerações de José Ometto comandam a USJ, com o apoio de um quadro de executivos formado por profissionais do mercado.